Noong 2065, ang Daigdig ay nasa gitna ng isang giyera na may mga karagdagang dimensional na dayuhan na tinatawag na Nova. Ang armadong pwersa ay bubuo at sinasanay ang Pandoras, mga anak na babae na maaaring gumamit ng mga espesyal na tisyu ng genetiko na tinatawag na Stigmata (Seikon) Upang maipakita ang mga superhuman na nakikipaglaban sa mga sistema ng armas at kasanayan. Ang pagsuporta sa Pandora ay mga kasosyo sa lalaki na tinawag na Limiters, na gumagamit ng partikular na mga kapangyarihan na "nagyeyelong" upang mapigilan ang kalayaan ng kanilang kumpetisyon.
Ang alinman sa mga limiter na ito ay si Kazuya Aoi, na ang yumaong kapatid na babae ay isang Pandora. Nakilala ni Kazuya ang isang malakas na Pandora, si Satellizer el Bridget, na binansagang Untouchable Queen, sa kanyang walang kuwentang istilo at sa kanyang matinding aphephobia habang pumapasok sa West Genetics Academy sa Japan. Sa kabila ng mga babala mula sa kanyang mga kamag-aral na makaiwas sa Satellizer, nakikipagkaibigan siya kay Kazuya, at humiling na maging kanyang Limiter. Sumasang-ayon ang Satellizer na maiugnay sa kanya, kahit na sa lalong madaling panahon ay nahulog siya sa isang kumpetisyon sa pag-iibigan na nagngangalang Rana Lincolnhen, na naniniwala na si Kazuya ang kanyang kaluluwa pagkatapos suportahan siya sa pamamagitan ng maraming laban laban sa mga kalaban sa kolehiyo ng nagbabago ang posisyon at mga kurso. Kapag sinalakay ng mga Novas ang kanilang kolehiyo na ginagamit ang Pandoras sa ilalim ng kanilang kontrol upang makakuha ng pag-access sa underground na laboratoryo ng institusyon, ang kanilang kumpetisyon ay tinanggal.
Ang Satellizer at Kazuya ay sumali sa ilang mga mag-aaral ng West Genetics sa isang laboratoryo sa Alaska, kung saan maaari silang tulungan kasama ang gawain ng Evolution Pandora (E Pandora), na pinapayagan ang mga normal na kababaihan na makuha ang mga transplant ng Stigmata upang maging Pandoras. Kapag ang isa sa mga E Pandoras ay nagngingitngit, ang iba ay naglalabas kung ang mga gamot sa eksperimento ay hindi mapanganib, ngunit pinasunod sa mga hangarin ng samahan ng negosyo pati na rin ang tagapamahala. Sa paghanap na hanggang sa sila ay nagastos, sila ay gagamitin, ang E-Pandora Amelia Evans ay nagdidirekta ng isang pag-aalsa na tumataas sa isang ganap sa Nova Clash.
Nalaman pa ni Kazuya ang tungkol sa mga link ng kanyang pamilya sa Nova pati na rin sa Pandora. Ang lolo ni Kazuya na si Gengo Aoi ay nakahanap ng parehong trabaho, na nagtatakda kina Rana at Satellizer sa isang natatanging koponan kasama ang mga babaeng tinatawag na Valkyries. Gayunpaman, sa buong aktibidad ng demonstrasyon na may pasadyang nakadisenyo na Nova na dummy, ang mga maling akala ay naranasan ng mga Pandora, pati na rin ang dummy na si Novas ay naging isang legion ng 100s ng Nova na nagpapahiwatig ng Genetics. Itinuturing ito ni Gengo sa pamamagitan ng paglabas ng Legendary Pandoras na mga tiyahin ni Kazuya. Ang pagsisikap ng Chevalier na patayin si Gengo na gumagamit ng maraming mga nahatulan na tinawag na Busters, kung ang ilan sa Legendary Pandoras ay nagbago sa nakamamatay na Novas, ngunit ang takdang-aralin ay nabagsak.
